化学化工学院的组织机构分为教职工大会、党政联席会议、研究所和中心及各个党政办公室。

教职工大会：是代表全体教职工利益的组织机构，是学院教职工行使民主权利，民主管理学院的重要形式。教职工大会审议学院的年度工作报告、财务报告及教职工提出的有关议案。

党政联席会议：是学院的决策机构，学院的重要事项由党政领导共同研究决定。党政联席会议由党委书记和院长负责，主持日常工作，贯彻执行学校制订的各项方针政策以及教职工大会所通过的各项决议。党政联席会议每周召开一次例会，研究并解决日常工作中所遇到的各种问题。

研究所和中心：是学院具体的教学和科研单位，负责组织和完成具体的教学和科研任务。

党政办公室：化学化工学院党政具体办公机构。

教学实验中心：化学国家级实验教学示范中心

科研机构：

分子科学研究所

精细化学品工程研究中心

应用化学研究所

中医药现代研究中心

晶态材料研究所

大型科学仪器中心